尖锐湿疣的病原体是人类乳头瘤病毒，简称为HPV，HPV在电子显微镜下观察呈球形，由外壳和中心两部分构成，其外壳是由72个壳微粒组成，排列成立体对称的20面体，核酸与衣壳共同组成核衣壳；中心是病毒的脱氧核糖核酸，病毒颗粒的直径是50～55纳米。
    人类乳头瘤病毒在人体的组织细胞内以复制的方式进行繁殖，不能在体外细胞培养中生长，而且也不能在实验动物中生长，因而限制了对它的研究。近年来，使用核酸杂交技术对HPV进行分型，目前已知至少可把它分为60多个型。人体上所有的疣病变几乎都是HPV引进的，但不同部位和不同形态的疣由不同型的HPV所致。其中HPV-6、HPV-11、HPV-16、HPV-18与尖锐湿疣的有关。