治疗尖锐湿疣的方法较多，要根据疣生长的部位、大小及形态的不同，而选择不同的方法治疗。但至今为止，还没有一种方法能达到效果好、无痛苦和不复发的目的。主要治疗方法：
    （1）药物治疗
    20%足叶酯酊   局部外用，注意要保护周围正常的皮肤和粘膜，每周涂1～2次，每次涂药后2～4小时后洗去该药会有恶心、呕吐等副作用，孕妇不能用。
    0.5%足叶草霉素   是从足叶草酯中提取出来的有效成分，毒性较小，疗效较高，每日涂2次，用4～5天，也要保护周围正常组织。
    5%肽丁胺膏   本药副作用小，使用安全，但疗效较低，每日涂2次，用药4周。
    50%三氯醋酸溶液  外用，使用前先用2%地卡因表面麻醉可减轻疼痛，要保护好周围正常皮肤和粘膜。
    5-氟脲嘧啶膏   具有抑制病毒核酸合成和免疫刺激作用，每周用药1～2次，本药有一定刺激作用，可导致红肿和糜烂，应注意使用的次数和数量。
    （2）激光治疗   一般使用的是二氧化碳激光治疗。治疗操作中必须掌握一定的深度，浅则易复发，深则易产生瘢疤，治愈率为70-94%。
    （3）冷冻治疗   多数使用液氮冷冻，可用棉签、也可用喷雾装置进行冷冻操作，根据疣体的面积和高度作2～4次，间隔2～3天，治愈率达80%。
    （4）烧灼治疗   用小型高频电刀对疣体作电灼，数量多者可多次分批操作，治愈率可达82%。
    （5）手术切除治疗   对比较大的疣可采用手术切除。
    （6）免疫疗法   目前使用的有干扰素。干扰素含有多种蛋白质和糖蛋白，在体内可合成，现可用重组生物技术生产，干扰素具有抗病毒、抗增殖、抗肿瘤和免疫调节等作用。可以肌肉注射，也可疣体内注射，可减少复发。