尖锐湿疣治疗后的复发率比较高，有的甚至高达40%左右。迄今为止，还没有一种方法和药物能够保证治疗后不会复发的。其原因是：1、对于病人来说，感染HPV可能存在有3种不同的状态，即肉眼可见向外生长的疣组织；肉眼不能见，只能在显微镜下才能见到有病变的亚临床感染；尚未出现病变，但组织表面携带有病毒，只能用分子杂交技术如多聚酶链反应法才能测出病毒。临床治疗时，医生只能清除掉肉眼能看见的那部分疣组织，对于后两种是无法去除的。而肉眼能见的疣体仅是所有HPV感染中的一小部分，其他HPV感染状态在治疗后的一段时间里发展成肉眼能见的疣组织。2、尖锐湿疣的病变过程主要发生在上皮组织内，病毒也只局限于上皮组织层内，人体皮肤粘膜的免疫系统存在于上皮下的真皮层内，由于上皮组织的基底层的阻隔，真皮内免疫系统不能与表皮内HPV病毒颗粒接触而建立起有效的免疫应答反应，因而使得不少尖锐湿疣久治不愈，这种情况同样见于青年人面部的扁平疣及手上的寻常疣。3、再感染。夫妻一方治愈了，而另一方是亚临床感染或病毒携带者，通过性生活又可被传染上，医学上叫做“打乒乓球”状态，导致反复感染。
    那末，如何预防或减少尖锐湿疣的复发呢？1、尽量要与配偶或有关性侣一起检查和治疗；2、采用联合治疗的方法，如激光治疗后，继以药物治疗，或冷冻治疗后，继以干扰素治疗；3、要认识到尖锐湿疣感染无终生免疫能力，即使治愈后，以后还会再感染。所以，一定要洁身自爱，不乱搞性关系。4、少数在治疗后3～6个月内复发，是在情理之中，可再治疗一次，一般都能治愈的。