（1）遗传漂变

如果在一个种群中，某一个基因的频率为0.02，那么在一个100万个体的种群中，有这一基因的个体应为2万个。但是假如这一种群只有50个个体，那就只有一个个体具有这一基因，这个个体如果由于偶然的机会而死亡或没有机会和异性个体交配（因为个体太少了），那么，下一代中这一基因在这一种群中便完全消失，基因频率当然也就改变了。所以，在小的种群中，基因频率可因偶然的机会，而不是由于选择而发生变化，这种现象称为遗传漂变。

（2）建立者效应

假如一个种群中的几个或几十个个体迁移到另一地区而定居下来，它们与原来的种群隔离开了，它们自行繁殖后代。显然，它们的基因频率与原来大种群的基因频率不一定相同，很可能有很多等位基因没有带出来。这一新的基因频率是决定于分出来的几个或几十个建立者（定殖者）的基因频率的。如果再加上新地区的不同因素对它们的选择作用，就会促使这个种群朝着另外方向发展，就有可能出现新性状，形成新品种或新种。

（3）瓶颈效应

许多生物在不同季节中，数量有很大的差异。春季繁殖，夏季数量增加到最多；到了冬季，由于寒冷、缺少食物等种种原因而大量死亡，第二年春季，又由残存的少量个体繁殖增多。因此形成一个如瓶颈样的模式，这一瓶颈部分即为冬季数量减少的时期。

由此可以看出，假如残存的少数个体中，含有某一基因的个体多，下一世代繁殖后，这一基因的频率也相应增多。假如残存的少数个体中，含有某一基因的个体少，下一世代中该基因的频率也相应减少，这与建立者效应是相似的情况。

（4）不随机的交配

随机交配是维持基因频率不变的必要条件。但实际情况是，自然种群中个体间的杂交几乎永远不是随机的。例如，雌性个体总要选择一定的雄性个体。雄狮健壮美丽的身体即可与其他雄狮竞争，又可受到雌狮之垂青。

（5）突变和新基因的加入

这两者都能影响基因频率的稳定。在自然界，突变的速度一般都是很低的，不同的基因和各基因的不同等位基因的突变速度各有不同，据估计，人约有30000个基因（各含2个或多个等位基因）。每人出生，平均总带有2个突变。由此可想而知，每一个基因的突变虽缓慢，但每一种群中每一世代的突变基因数却是很高的。突变的方向是随机的，突变只是给自然选择提供原材料，如果突变性状被选择，这一突变基因就在基因库积累增多，如不被选择，就渐渐被排除。

新基因的加入，也可使基因频率逐渐改变。一个种群的个体移入另一个能与之交配的种群中，这就带进了新的基因。一个植物种群的花粉传播到另一植物种群中，水生的体外受精动物的精子进入另一种群与其动物的卵子受精等，都可使种群获得新的基因，使种群的基因频率发生变化。同理，种群中一些个体的迁出也有可能引起基因频率的改变。

（6）自然选择的作用

自然选择从表面上看，是对不同个体表现型的选择，但实质上对某些基因的选择。因此，自然选择必然引起基因频率的改变，基因型的频率也会随之改变。举例说明如下：假设一对等位基因Aa的频率为A＝0.9，a＝0.1，那么各基因型的频率就是：AA＝0.81，Aa＝0.18，aa＝0.01。如果环境对于基因频率有选择作用，而选择作用的结果使A的频率由0.9变为0.8，a的频率由0.1变为0.2，那么选择后的第二代的基因型的频率应为AA＝0.64，Aa＝0.32，aa＝0.04。如果选择作用再继续一代，A和a频率总在不断的变化之中。

在自然种群中，如果某个基因的频率只有十万分之一，但如果被选择，只要经过23400个世代，该基因的频率就会上升到99%，而其等位基因将为1%。又如，在金黄葡萄球菌种群中，本来就存在抗青霉素的基因，但频率极低。如果该种群受到青霉素的选择，无抗药性的个体将全部被杀死，只有极少数有抗药性的个体存活。因此，只要选择一代，抗药性基因频率就大为增加，菌群对青霉素的抗药性因而大增。